MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis G/SotonG1 plasmid pSotonG1

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020961	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020961	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020961	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020961	A	6	6	89	94	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020961	A	6	6	235	240	100 %	0 %	0 %	0 %	478457633
6	NC_020961	AT	3	6	454	459	50 %	50 %	0 %	0 %	478457633
7	NC_020961	T	6	6	500	505	0 %	100 %	0 %	0 %	478457633
8	NC_020961	T	8	8	558	565	0 %	100 %	0 %	0 %	478457633
9	NC_020961	ATTG	2	8	610	617	25 %	50 %	25 %	0 %	478457633
10	NC_020961	T	6	6	671	676	0 %	100 %	0 %	0 %	478457633
11	NC_020961	A	7	7	704	710	100 %	0 %	0 %	0 %	478457633
12	NC_020961	AAC	2	6	829	834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457633
13	NC_020961	TC	3	6	979	984	0 %	50 %	0 %	50 %	478457633
14	NC_020961	GT	4	8	996	1003	0 %	50 %	50 %	0 %	478457633
15	NC_020961	A	6	6	1095	1100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020961	TCT	2	6	1125	1130	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478457634
17	NC_020961	TCT	2	6	1142	1147	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478457634
18	NC_020961	ATC	2	6	1172	1177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478457634
19	NC_020961	GA	3	6	1311	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	478457634
20	NC_020961	CCA	2	6	1341	1346	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478457634
21	NC_020961	TAA	2	6	1434	1439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478457634
22	NC_020961	TCTG	2	8	1448	1455	0 %	50 %	25 %	25 %	478457634
23	NC_020961	GAAA	2	8	1474	1481	75 %	0 %	25 %	0 %	478457634
24	NC_020961	TTG	2	6	1489	1494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457634
25	NC_020961	CCT	2	6	1544	1549	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478457634
26	NC_020961	T	8	8	1590	1597	0 %	100 %	0 %	0 %	478457634
27	NC_020961	AGGA	2	8	1607	1614	50 %	0 %	50 %	0 %	478457634
28	NC_020961	A	6	6	1666	1671	100 %	0 %	0 %	0 %	478457634
29	NC_020961	TGC	2	6	1762	1767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478457634
30	NC_020961	AAG	2	6	1794	1799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457634
31	NC_020961	T	6	6	1816	1821	0 %	100 %	0 %	0 %	478457634
32	NC_020961	GATTA	2	10	1834	1843	40 %	40 %	20 %	0 %	478457634
33	NC_020961	A	6	6	1910	1915	100 %	0 %	0 %	0 %	478457634
34	NC_020961	TGTT	2	8	1940	1947	0 %	75 %	25 %	0 %	478457634
35	NC_020961	ATA	2	6	1967	1972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478457634
36	NC_020961	TGC	2	6	2075	2080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478457634
37	NC_020961	AAT	2	6	2151	2156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020961	GTT	2	6	2160	2165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020961	T	7	7	2187	2193	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020961	GTT	2	6	2252	2257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457635
41	NC_020961	CAT	2	6	2334	2339	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478457635
42	NC_020961	GCG	2	6	2420	2425	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478457635
43	NC_020961	ATG	2	6	2470	2475	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457635
44	NC_020961	GAT	2	6	2523	2528	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457635
45	NC_020961	GT	3	6	2535	2540	0 %	50 %	50 %	0 %	478457635
46	NC_020961	GAA	2	6	2547	2552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457635
47	NC_020961	AT	3	6	2710	2715	50 %	50 %	0 %	0 %	478457635
48	NC_020961	A	8	8	2750	2757	100 %	0 %	0 %	0 %	478457635
49	NC_020961	AGC	2	6	2762	2767	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478457635
50	NC_020961	TTCT	2	8	2786	2793	0 %	75 %	0 %	25 %	478457635
51	NC_020961	TGA	2	6	2825	2830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457635
52	NC_020961	AGC	2	6	2870	2875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478457635
53	NC_020961	TTG	2	6	2986	2991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457635
54	NC_020961	TTG	2	6	2998	3003	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457635
55	NC_020961	TC	3	6	3047	3052	0 %	50 %	0 %	50 %	478457635
56	NC_020961	AGA	2	6	3056	3061	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457635
57	NC_020961	ATT	2	6	3062	3067	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478457635
58	NC_020961	GAA	2	6	3075	3080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457635
59	NC_020961	TTAAT	2	10	3139	3148	40 %	60 %	0 %	0 %	478457635
60	NC_020961	AGA	2	6	3176	3181	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457635
61	NC_020961	AT	3	6	3262	3267	50 %	50 %	0 %	0 %	478457635
62	NC_020961	GTTT	2	8	3312	3319	0 %	75 %	25 %	0 %	478457635
63	NC_020961	AGGA	2	8	3432	3439	50 %	0 %	50 %	0 %	478457635
64	NC_020961	TCT	2	6	3444	3449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478457635
65	NC_020961	A	6	6	3543	3548	100 %	0 %	0 %	0 %	478457635
66	NC_020961	TCA	2	6	3576	3581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478457636
67	NC_020961	GAA	2	6	3615	3620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457636
68	NC_020961	TTTC	2	8	3692	3699	0 %	75 %	0 %	25 %	478457636
69	NC_020961	AGC	2	6	3718	3723	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478457636
70	NC_020961	GTT	2	6	3773	3778	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457636
71	NC_020961	GGAT	2	8	3812	3819	25 %	25 %	50 %	0 %	478457636
72	NC_020961	AAG	2	6	3912	3917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457636
73	NC_020961	TAG	2	6	4008	4013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457636
74	NC_020961	GAA	2	6	4076	4081	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457636
75	NC_020961	ATATAG	2	12	4083	4094	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478457636
76	NC_020961	CAG	2	6	4281	4286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478457636
77	NC_020961	TTA	2	6	4340	4345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478457636
78	NC_020961	AACGTT	2	12	4346	4357	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478457636
79	NC_020961	AT	3	6	4369	4374	50 %	50 %	0 %	0 %	478457636
80	NC_020961	A	7	7	4412	4418	100 %	0 %	0 %	0 %	478457636
81	NC_020961	AGA	2	6	4475	4480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457636
82	NC_020961	TTC	2	6	4501	4506	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478457636
83	NC_020961	CT	3	6	4511	4516	0 %	50 %	0 %	50 %	478457636
84	NC_020961	A	6	6	4517	4522	100 %	0 %	0 %	0 %	478457636
85	NC_020961	TAAA	2	8	4536	4543	75 %	25 %	0 %	0 %	478457636
86	NC_020961	GAA	2	6	4553	4558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457636
87	NC_020961	ATTA	2	8	4598	4605	50 %	50 %	0 %	0 %	478457636
88	NC_020961	ATTT	2	8	4632	4639	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020961	A	6	6	4652	4657	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020961	ATA	2	6	4720	4725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478457637
91	NC_020961	AAT	2	6	4766	4771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478457637
92	NC_020961	AAT	2	6	4842	4847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478457637
93	NC_020961	TCA	2	6	4848	4853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478457637
94	NC_020961	TTG	2	6	4954	4959	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457637
95	NC_020961	TTG	2	6	5013	5018	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457637
96	NC_020961	AAC	2	6	5028	5033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457637
97	NC_020961	TAA	2	6	5045	5050	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478457637
98	NC_020961	AGG	2	6	5099	5104	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478457637
99	NC_020961	CAG	2	6	5164	5169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478457637
100	NC_020961	ATT	2	6	5172	5177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478457637
101	NC_020961	GGC	2	6	5193	5198	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478457637
102	NC_020961	GTT	2	6	5199	5204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457637
103	NC_020961	TCA	2	6	5259	5264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478457637
104	NC_020961	CAA	2	6	5320	5325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457637
105	NC_020961	T	6	6	5429	5434	0 %	100 %	0 %	0 %	478457637
106	NC_020961	CAAA	2	8	5448	5455	75 %	0 %	0 %	25 %	478457637
107	NC_020961	AAAAG	2	10	5541	5550	80 %	0 %	20 %	0 %	478457638
108	NC_020961	TTA	2	6	5563	5568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478457638
109	NC_020961	A	6	6	5586	5591	100 %	0 %	0 %	0 %	478457638
110	NC_020961	CAA	2	6	5703	5708	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457638
111	NC_020961	ATT	2	6	5726	5731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478457638
112	NC_020961	A	6	6	5780	5785	100 %	0 %	0 %	0 %	478457638
113	NC_020961	T	6	6	5881	5886	0 %	100 %	0 %	0 %	478457639
114	NC_020961	GGA	2	6	5898	5903	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478457639
115	NC_020961	ACA	2	6	5913	5918	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457639
116	NC_020961	A	6	6	5961	5966	100 %	0 %	0 %	0 %	478457639
117	NC_020961	TCT	2	6	6003	6008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478457639
118	NC_020961	ATCA	2	8	6080	6087	50 %	25 %	0 %	25 %	478457639
119	NC_020961	A	7	7	6098	6104	100 %	0 %	0 %	0 %	478457639
120	NC_020961	CAT	2	6	6127	6132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478457639
121	NC_020961	AAC	2	6	6180	6185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457639
122	NC_020961	ATA	2	6	6234	6239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478457639
123	NC_020961	CCTAG	2	10	6249	6258	20 %	20 %	20 %	40 %	478457639
124	NC_020961	AAG	2	6	6271	6276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457639
125	NC_020961	TTG	2	6	6280	6285	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457639
126	NC_020961	AATT	2	8	6295	6302	50 %	50 %	0 %	0 %	478457639
127	NC_020961	TTCTA	2	10	6326	6335	20 %	60 %	0 %	20 %	478457639
128	NC_020961	TCGG	2	8	6366	6373	0 %	25 %	50 %	25 %	478457639
129	NC_020961	GAA	3	9	6381	6389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457639
130	NC_020961	GAT	2	6	6420	6425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457639
131	NC_020961	TA	3	6	6447	6452	50 %	50 %	0 %	0 %	478457639
132	NC_020961	T	6	6	6484	6489	0 %	100 %	0 %	0 %	478457639
133	NC_020961	CAA	2	6	6490	6495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457639
134	NC_020961	TCG	2	6	6500	6505	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478457639
135	NC_020961	TC	3	6	6513	6518	0 %	50 %	0 %	50 %	478457639
136	NC_020961	TCT	2	6	6527	6532	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478457639
137	NC_020961	AGA	2	6	6536	6541	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457639
138	NC_020961	AGA	2	6	6578	6583	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457639
139	NC_020961	A	7	7	6670	6676	100 %	0 %	0 %	0 %	478457640
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.